民國68年7月1日，本市改制為院轄市後，市政府依循民眾需要在市議會全力支持下，經前市長王玉雲先生首創，及楊前市長金欉先生擘劃，由高雄市政府衛生局積極籌備於民國70年本市福成街福裕段345號土地上，初期興建地下一層，地上三層之院舍一棟，占地一百八十餘坪，於民國72年7月1日奉准成立，民國72年起承辦勞保業務，民國77年起承辦公保業務，民國84年起辦理全民健保業務，最大的目的是為加強為民服務精神及增進全民健康之福祉，執行內科、外科、傷科、婦科及針灸科業務。
民國92年與高雄市立聯合醫院合作開辦市立聯合醫院中醫門診，93至94年執行澎湖縣白沙鄉無中醫鄉離島醫療，96年執行衛生署中醫藥委員會「中醫臨床教學訓練改善計畫」，由於原本院區建築物老舊，經鑑定須施作建築物耐震結構補強，為達成營造中醫門診優質環境，提供市民更優質之中醫門診服務，提升公務部門為民服務形象目標，98年8月搬遷至大同醫院院區。
民國99年12月底高雄縣市合併後，高雄市幅員範圍雖變大，但本院服務地區仍以鄰近行政里數(三民區、鹽埕區、新興區、苓雅區及前鎮區)為主要服務範疇。
99年至今執行中醫藥委員會「中醫醫療機構負責醫師訓練計畫」擔任主要訓練醫院，102年1月起於民生醫院開設中醫門診，103年及107年以優等成績通過衛生福利部中醫醫院評鑑。
105年7月13日經考試院核准通過修訂本院組織規程第三條，刪修外科並增列兒科，以服務更多市民；106年7月起為有效控管用人成本費用，報准市府核備執行用人費用率控管，並設定67%為上限。
配合市府落實照護弱勢高齡長者的施政理念，經衛生局等機關多方努力促成，於原高雄市政府衛生局舊址建置「高齡整合長期照護中心」，未來本院將與衛生局、市立民生醫院及凱旋醫院共同使用，響應市立醫院中西醫資源整合，達到資源共享和活化資產效能，106年8月10日長照大樓動土施工，108年中旬主體建築竣工完成，11月起進行室內裝修及資訊工程，於109年10月16日遷於長照大樓正式營運。